和光純薬工業株式会社試薬 [Laboratory Chemicals] 試験研究用試薬・抗体の製造販売および各種受託サービス
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ゲノム解析 アプリケーション

■de novo シーケンス(HiSeq/MiSeq)
配列未知の生物種を対象とした配列決定を行います。取得したリード配列をアセンブルし、コンティグ配列を取得します。さらにペアエンド/メイトペア解析によりスキャフォールド配列を得ることが可能です。

■リシーケンス(HiSeq/MiSeq)
配列既知の生物種を対象とした配列決定を行います。取得したリード配列をリファレンス配列に対してマッピングすることで、SNP等の変異箇所をゲノムワイドに探索可能です。


■Ampliconシーケンス(MiSeq/HiSeq)
PCR産物のプールシーケンスにより、高効率に特定領域のディープシーケンスを行います。1 %しか存在しない変異も検出可能な感度があり、低頻度SNPの検出、同定が可能です。

■メタゲノム解析(HiSeq/MiSeq)
微生物叢のゲノムDNA配列を一度に取得します。データ解析と併せて、微生物間の相互作用の網羅的解析を可能にします。

■群集解析(MiSeq)
環境・糞便等のサンプル中に存在する細菌の16S rDNA領域をユニバーサルプライマーで増幅、得られた16S rDNA Ampliconのディープシーケンスおよび取得データのBLAST検索により、群集解析を行います。サンプルごとにインデックス配列を付加し、複数サンプルを一度にシーケンスすることも可能です。


■QTLシーケンス(HiSeq/MiSeq)
量的形質遺伝子座(QTL)は量的形質を支配する遺伝子の場所であり、DNAマーカー育種ではこのQTLの位置を確かめることが重要となります。
QTLシーケンス(QTL-seq)法は、次世代シーケンサーを用いることでDNAマーカーを作成することなく迅速にQTL同定を可能にする技術です*。
DNAマーカーの連鎖解析を用いる従来のQTL解析法と比較して、QTL-seq法は迅速かつ低コストにQTLを同定できます。

■RADシーケンス(HiSeq/MiSeq)
RADシーケンス(Restriction Site Associated DNA Sequence :RAD-seq)は、次世代シーケンシング技術を用いた制限酵素認識サイト近隣領域を解析する手法です。
この方法ではゲノムを制限酵素で切断し、切断した部位から50-100 bp程度のシーケンスを読み、SNPsを探索します。RAD-seqにより得られたSNPマーカーは、遺伝子座間の距離の測定、高密度遺伝子連鎖地図の探索、QTLマッピングに用いることができます。
領域を限定してシーケンスするため、低コストで効率良く解析を行うことができます。

参考文献

*:Takagi, H., et al. The plant Journal, 74(1), 174-183(2013).

エピゲノム解析 アプリケーション

■ChlPシーケンス(HiSeq/MiSeq)
クロマチン免疫沈降法により得たDNA断片をお預かりし、シーケンシングを行います。クロマチン免疫沈降法とシーケンシングを組み合わせることで、転写調節因子であるDNA結合タンパクのゲノム上の結合部位の同定や、ヒストンメチル化等のクロマチン構造変化に代表されるエピジェネティックな修飾のゲノムワイドな網羅的解析が可能です。

■メチル化解析(HiSeq/MiSeq)
DNAのメチル化はエピジェネティクスやクロマチンリモデリングを始めさまざまな生命現象に関わる重要な遺伝子発現の制御機構です。遺伝子のプロモーター付近にはCpGアイランドと呼ばれるCpG配列が高頻度に存在しており、シトシン(C)のメチル化の有無による転写制御が行われています。
主にどのようなCpGアイランドがメチル化されているのかを解析するのがDNAメチル化解析であり、近年、バイサルファイト法やメチル化DNA免疫沈降法と次世代シーケンサーを組み合わせたMet-seq解析が注目されています。
弊社では、次世代シーケンサーを用いたゲノムワイドな網羅的DNAメチル化解析や特定ゲノム領域のDNAメチル化解析等、目的に応じた解析方法をご提案します。

ターゲットシーケンス アプリケーション

■Agilent SureSelect Target Enrichment System
SureSelectは、ゲノム配列の中で個々の研究者が着目している特定領域のリシーケンシングを効率的に行うことができる独自の研究者用ツールです。1本のチューブで、最大55,000種類のビオチン化RNAプローブを研究者ごとのニーズに合わせてご提供いたします。読みたい配列だけを選んでシーケンスすることで、シーケンス時間、コストを劇的に削減し、データ解析を格段に効率化できます。



【SureSelect DNA/RNAキャプチャーキット】
キャプチャーターゲットに対してプローブが既にデザインされたキットです。カタログから選ぶだけで簡単にご利用いただくことができます。
既に多くの研究者の方々に利用され、その安定したキャプチャー性能が高い評価を得ています。


■Agilent HaloPlex HS Target Enrichment System
ヒトゲノム対応のHaloPlex HSターゲットエンリッチメントシステムはPCRのスピードとハイブリダイゼーションによる選択的濃縮の利点を組み合わせることにより、1チューブで200,000ものアンプリコンを増幅する技術です。ターゲットエンリッチメントの過程で組み込まれる分子バーコードを利用して、アンプリコンシーケンスの変異コールの信頼性を飛躍的に向上させた、画期的なシステムです。FFPEサンプルにも適用いただけます。



■Roche SeqCap EZ Library
SeqCap EZ Library(シークキャップ イージー ライブラリ)は、特異的にターゲット領域と結合するように設計されたビオチン化DNAプローブにより、ターゲット領域を選択的に抽出し、濃縮するためのツールです。1本のチューブ内で必要な反応工程が完結するので、多数のサンプル処理にも適しています。ヒトエクソームキャプチャー用の他に、研究対象のゲノム領域のみを指定してキャプチャーするためのカスタム製品もございます。


■Illumina Nextera Rapid Capture Exome
Nextera Rapid Cpture Exomeでは、対象を絞り込んだ設計と、均一かつ特異的な濃縮により1サンプルあたり必要なシーケンス量がわずか4 Gbとなっております。また、Nexteraベースの迅速なサンプル調製からはじまり、HiSeq 2500/MiSeqの高速な次世代シーケンサーと組み合わせることにより、最小限の作業時間で終了できます。


■Illumina TruSeq Amplicon-Cancer Panel
TruSeq Amplicon-Cancer Panel(TSACP)は、重要ながん関連領域を網羅したアンプリコンシーケンスで、BRAF、KRASおよびEGFR等の遺伝子をはじめ数百のがん関連ホットスポット領域をシーケンスします。短時間でゲノムDNAから変異解析結果を取得し、プロジェクトを完了させます。高品質データにより低頻度の変異も精度高く検出できる、独自のアンプリコン増幅とマルチプレックステクノロジーです。TSACPには、35 kbを超えるターゲットゲノム配列中のホットスポットをシーケンスするためにデザインされたオリゴヌクレオチドプローブが含まれます。1本のチューブ内で行われる高マルチプレックスな反応により、48遺伝子中の212アンプリコンがターゲットとなります(表1)

 

掲載されている試薬は、試験・研究の目的のみに使用されるものであり、「医薬品」、「食品」、「家庭用品」などとしては使用できません。
表示している希望納入価格は「本体価格のみ」で消費税等は含まれておりません。
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