和光純薬工業株式会社試薬 [Laboratory Chemicals] 試験研究用試薬・抗体の製造販売および各種受託サービス
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SeqNovaオプションデータ解析サービス

次世代シーケンサーは、遺伝子発現解析やSNP等の変異解析を行う上で非常に有効な解析ツールです。しかし、ゲノム 情報のない生物種のゲノム解析を行う場合、次世代シーケンサーから出力された短いリード配列を用いてゲノム配列を再構築する必要があります(de novo アセンブル)。de novo アセンブルはマッピングに比べて計算量が大きく、計算時間が長い上に大量のメモリを必要とします。それは、de novo アセンブルを行うには全てのリード同士の組み合わせ を網羅的に比較する必要があるためです。そのため、アセンブルの計算量は断片数と断片長に依存して増大していくので、ゲノムサイズの大きな生物種や多生物種ゲノムが混在する環境サンプル等では莫大なメモリと計算量を要することになります。
ヒトゲノムサイズのde novo アセンブルを行うことが可能な国内最大級の解析サーバーをご用意して皆様のご利用をお 待ちしております。実験系のご提案からその後の詳細なデータ解析処理までトータルサポートいたします。新規性の高い技術となりますので、ご希望の解析内容、実験目的等から最適な解析内容をご提案いたします。ご遠慮なくご相談ください。


ご依頼方法

■ご依頼〜解析の流れ
 事前打ち合わせ 
解析目的・作業内容・必要データ量について打ち合わせ、お見積もり
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 サンプル・依頼書お預かり 
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 作業内容確認書の発行 
【作業内容確認書】作業内容詳細を担当者よりご案内
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 サンプル調製 
受入サンプルの品質検査 ライブラリ作製(断片化・アダプタ付加等)
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 シーケンシング 
次世代シーケンスによる画像イメージ取得
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 基本データ解析 
ベースコール(配列取得) インデックスタグによるデータ振り分け
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 オプションデータ解析 
各種アプリケーションに対応する追加データ解析も別途承ります。

■必要サンプル量

<濃度測定につきまして>
*1: 分光光度計での測定は、遊離ヌクレオチド等の夾雑物を検出し正確な値が出ない可能性がありますので、アガロース電気泳動での既知濃度のDNAバンドとの蛍光強度比較による測定を推奨しています。
*2: 基本的に分光光度計で問題ございませんが、可能であればAgilent 2100BioAnalyzer等での事前チェックを推奨しております。
*3: 分光光度計では正確な測定が出来ない可能性がございますため、市販の2本鎖DNA定量キット(Qubit fluorometer, Quant-iTdsDNA Kit(Invitrogen社)等)での測定を推奨しております。
*4:RiboZero処理後、RNA-Seq用ライブラリ調製を行います。
※サンプルはNuclease Free Waterに溶解してください。
※ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)サンプルの場合は、事前にご相談ください。
※ サンプルお預かり後、サンプル受け入れ検査を行います。サンプルの濃度が希薄である場合や分解が見られる場合等、作業中止もしくはサンプルの再提出をお願いすることがございます。予めご了承ください。
※サンプル量が上記に満たない場合でも解析可能な場合がございます。ご相談ください。

■サンプル送付方法
注文書受理後、サンプル送付セット(梱包用の箱等)をお送りいたします。
サンプルの凍結融解は避け、ドライアイス(5 kg程度)を同梱の上お送りください。

 

掲載されている試薬は、試験・研究の目的のみに使用されるものであり、「医薬品」、「食品」、「家庭用品」などとしては使用できません。
表示している希望納入価格は「本体価格のみ」で消費税等は含まれておりません。
表示している希望納入価格は本記事掲載時点の価格です。最新価格は「製品検索」からコードNo.で検索してご確認ください。

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和光純薬工業株式会社

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●北海道営業所 011-271-0285(代)
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